2016年，清水源收购了同生环境100%股权。2019年7月，清水源对同生环境开展日常审计发现，同生环境原管理层宋颖标、钟盛存在利用职务便利非法侵占上市公司利益的行为，遂向公安机关报案。2024年7月，法院终审判决宋颖标、钟盛职务侵占罪、背信损害上市公司利益罪成立。清水源公告称，该事项涉及的相关款项应调增其他应收款，并考虑预期信用损失对其他应收款的计提坏账。同时，针对清水源收购同生环境100%股权事项，宋颖标、钟盛对同生环境2016年至2018年进行了业绩承诺，但清水源发现同生环境存在虚增业绩的行为。
2024年8月，清水源公告称，公司对宋颖标、钟盛提起民事诉讼，追讨后两者的不当得利。2024年12月31日，清水源公告称，公司根据法院终审判决认定的事实情况，已初步完成对以往年度会计差错的梳理工作。因所涉及年度较早、工作量较大，各项工作仍在持续开展中。
2025年1月19日，清水源发布业绩预告显示，公司预计2024年的归母净利润亏损7000万元至9500万元。公司表示，一是清水源的水处理剂产品受市场环境等因素影响，销售价格下降导致收入和毛利有所下降，以及水处理剂衍生品的销量、单价及毛利同比下降。二是非经常性损益对公司净利润的影响金额约为-4800万元至-6200万元，主要系安徽中旭环境建设有限责任公司进《大众彩票224旧版本》入破产清算阶段，公司对目前尚未完成工商变更登记的中旭环境45%股权按照公允价值重新计量产生的损失所致
同日，清水源公告称，公司收到河南证监局下发的《关于对河南清水源科技股份有限公司采取责令改正措施并对有关责任人员采取出具警示函措施的决定》。经查，公司2016年至2018年年度报告存在会计差错，不符合《上市公司信息披露管理办法》相关规定。河南证监局决定对公司采取责令改正的行政监管措施，对相关责任人员采取出具警示函的行政监管措施，并记入证券期货市场诚信档案。
